1. Nghĩa vụ Kê khai và Lập hồ sơ chung

Trong bối cảnh rộng của Nghị định 255/2026/NĐ-CP, quy định về Miễn kê khai, miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (GDLK) tại Điều 20 được thiết kế như những hành lang an toàn nhằm giảm thiểu gánh nặng tuân thủ thủ tục hành chính cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, các quy định miễn trừ này không tồn tại độc lập mà được đặt trong mối quan hệ ràng buộc chặt chẽ với nghĩa vụ kê khai, lập hồ sơ chung và các quy định khống chế chi phí khác.

Để hiểu rõ giá trị của các điều khoản miễn trừ, trước hết cần nhìn vào nghĩa vụ chung cực kỳ nghiêm ngặt mà mọi doanh nghiệp có GDLK phải đối mặt theo quy định tại Điều 18:

• Nghĩa vụ kê khai hằng năm: Doanh nghiệp phải kê khai đầy đủ thông tin về quan hệ liên kết và GDLK theo Phụ lục I và nộp cùng Tờ khai quyết toán thuế TNDN.
• Nghĩa vụ lập hồ sơ ba cấp: Doanh nghiệp phải chủ động lập và lưu giữ Hồ sơ xác định giá GDLK bao gồm: Hồ sơ quốc gia (Phụ lục II), Hồ sơ toàn cầu (Phụ lục III), và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Phụ lục IV) trước thời điểm quyết toán thuế TNDN hằng năm.
• Thời hạn cung cấp: Khi có yêu cầu của cơ quan thuế, doanh nghiệp phải cung cấp hồ sơ này trong vòng 30 ngày làm việc (được gia hạn duy nhất 1 lần không quá 15 ngày làm việc nếu có lý do chính đáng).

2. Các trường hợp được miễn kê khai một phần và miễn lập Hồ sơ (Điều 20)

Nghị định 255/2026/NĐ-CP chia sự miễn thành hai cấp độ cụ thể để kiểm soát, bao gồm:

Miễn kê khai xác định giá một phần & Miễn lập hoàn toàn Hồ sơ (Khoản 1 Điều 20)

Đây là trường hợp miễn trừ cao nhất dành cho các doanh nghiệp phát sinh GDLK nhưng hoàn toàn không có rủi ro chuyển giá ra nước ngoài hoặc chuyển dịch lợi nhuận giữa các vùng ưu đãi thuế.

• Điều kiện áp dụng: Doanh nghiệp chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam, áp dụng cùng mức thuế suất thuế TNDN và không bên nào được hưởng ưu đãi thuế TNDN trong kỳ tính thuế.
• Nội dung miễn trừ: Doanh nghiệp được miễn kê khai xác định giá GDLK tại Mục III (Thông tin xác định giá) và Mục IV (Kết quả sản xuất kinh doanh sau xác định giá) của Phụ lục I; đồng thời được miễn lập hoàn toàn Hồ sơ xác định giá GDLK (bao gồm cả Hồ sơ quốc gia và Hồ sơ toàn cầu).
• Mối liên hệ với nghĩa vụ chung: Doanh nghiệp vẫn phải kê khai thông tin quan hệ liên kết tại Mục I và cơ sở miễn trừ tại Mục II của Phụ lục I kèm theo hồ sơ quyết toán thuế. Nghĩa là nghĩa vụ chứng minh mình thuộc diện được miễn vẫn bắt buộc phải thực hiện.

Vẫn kê khai đầy đủ Phụ lục I nhưng được Miễn lập Hồ sơ xác định giá (Khoản 2 Điều 20)

Doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai chi tiết các giao dịch tại Phụ lục I khi nộp quyết toán thuế, nhưng được giải phóng khỏi nghĩa vụ lập bộ Hồ sơ xác định giá GDLK (Hồ sơ ba cấp) cồng kềnh nếu thuộc một trong các trường hợp sau:

• Miễn theo quy mô (Điểm a): Có phát sinh GDLK nhưng tổng doanh thu của kỳ tính thuế dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các GDLK phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng.
• Miễn theo cơ chế APA (Điểm b): Người nộp thuế đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) và thực hiện nộp Báo cáo thường niên đầy đủ theo quy định.
• Miễn theo hiệu quả kinh doanh thực tế (Điểm c – Safe Harbor về tỷ suất lợi nhuận): Đây là điểm tháo gỡ lớn nhất thay thế cho quy định “chức năng đơn giản” cũ. Doanh nghiệp được miễn lập hồ sơ nếu đáp ứng đồng thời 3 điều kiện: Không phát sinh doanh thu, chi phí từ hoạt động khai thác, sử dụng tài sản vô hình; Có doanh thu dưới 500 tỷ đồng; Đạt tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế TNDN (EBIT) trên doanh thu thuần tối thiểu theo từng lĩnh vực: Phân phối từ 5% trở lên; Sản xuất từ 10% trở lên; Gia công từ 15% trở lên.

3. Doanh nghiệp cần lưu ý

Một điểm cực kỳ quan trọng mà doanh nghiệp rất dễ nhầm lẫn trong bối cảnh chung của Nghị định là: Được miễn lập Hồ sơ chuyển giá không đồng nghĩa với việc được miễn áp dụng các quy định về GDLK khác.

Khoản 3 Điều 20 quy định rõ: Người nộp thuế dù thuộc trường hợp được miễn kê khai một phần hoặc miễn lập Hồ sơ xác định giá GDLK (theo Khoản 1 và Khoản 2) vẫn phải thực hiện xác định tổng chi phí lãi vay được trừ (khống chế trần 30% EBITDA) theo quy định tại Khoản 3 Điều 16.

Do đó, dù doanh nghiệp của chị có quy mô nhỏ dưới 50 tỷ đồng, hoặc thuộc nhóm nội địa cùng thuế suất được miễn lập hồ sơ, bộ phận kế toán vẫn bắt buộc phải thực hiện tính toán, điều chỉnh chi phí lãi vay vượt trần và kê khai tỷ lệ này trên Phụ lục I

Hay nói cách khác, doanh nghiệp cần phải hiểu đúng và áp dụng chuẩn các điều khoản miễn trừ tại Điều 20 Nghị định 255/2026/NĐ-CP và hãy luôn nhớ rằng: Được miễn lập hồ sơ không đồng nghĩa với việc thoát hoàn toàn nghĩa vụ giao dịch liên kết, đặc biệt là việc kiểm soát trần chi phí lãi vay 30% EBITDA.